1. 清華大學 387.63億
2. 浙江大學 361.67億
3. 上海交通大學 318.05億
4. 北京大學 282.26億
5. 復旦大學 213.28億
6. 中山大學 202.61億
7. 西安交通大學 182.43億
8. 東南大學 161.60億
9. 山東大學 157.45億
10. 華中科技大學 152.95億
11. 武漢大學 149.71億
12. 四川大學 145.18億
13. 同濟大學 143.45億
14. 廈門大學 133.88億
15. 南京大學 130.50億
16. 吉林大學 120.71億
17. 北京科技大學 120.03億
18. 華南理工大學 118.28億
19. 中南大學 116.82億
20. 北京師範大學 114.85億
截至目前，75所教育部直屬高校已公佈2025年度的部門收支決算，其中決算總經費超過100億元的共有24所教育。
清華、浙大、上交大2025年度決算總經費突破300億，位居全國前三；北大、復旦、中大2025年度決算總經費突破200億教育。
同2024年決算對比，部分高校2025決算有顯著的增長教育。其中北京林業大學2025年決算較2024年決算增長了91.6%，達到71.64億；北京科技大學2025年決算增長了61.9%，達到120.03億；中國地質大學（北京）2025年決算增長達到43.9%，達到53.24億。
